본 발명은 과산화효소(peroxidase) 활성을 가지는 자성 나노입자와 효소가 다공성 실리카의 기공 내에 고정되어 있는 다공성 실리카 복합체 및 그 제조방법에 관한 것으로, 보다 상세하세는, 표면적 및 기공 부피가 큰 다공성 실리카의 기공 안에 과산화효소로서의 활성을 띄는 자성 나노 입자와 효소가 동시에 집적되어 있는 다공성 실리카 복합체 및 그 제조방법에 관한 것이다.본 발명에 따른 다공성 실리카 복합체는 다양한 질병의 마커가 되는 포도당, 갈락토스, 콜레스테롤 등의 소분자 물질, 단백질, DNA, 병원균 등을 민감하게 진단할 수 있고, 자성 나노 입자 및 효소를 다공성 실리카에 집적함으로써 단위 개체당 활성이 높아 고감도 정량 분석이 가능하며, 자성 나노입자를 이용하여 효율적인 분리와 재사용이 가능한 효과를 가진다.