환기, 제연 및 공기 감염 질환 통제용 창호 결합형 실내 공기 제어 시스템 및 그 제어 방법이 개시된다. 이 시스템에서 센서부는 실내 및 실외의 환경 상태와 실내의 조건 변화를 측정한다. 환기부는 상기 창호 모듈을 기준으로 하여 실내외의 공기를 교환하는 환기 동작, 실내 공간에서 발생된 화재 감지로 인한 제연 동작, 인접 공간에서 발생된 화재 감지로 인한 제연 동작, 상기 실내 공간에서의 공기 감염 전염병원체 감지로 인한 공기 감염 질환 통제 동작, 또는 상기 인접 공간에서의 공기 감염 전염병원체 감지로 인한 공기 감염 질환 통제 동작을 수행하며, 상기 환기 동작, 상기 제연 동작 또는 상기 공기 감염 질환 통제 동작시 유입 공기량을 조절한다. 공기 제어부는 상기 센서부에 의해 측정되는 실내외 환경 상태 및 실내의 조건 변화, 또는 인접 공간의 환경 변화에 따라 외부로부터 전달되는 제어 정보에 대응하여 상기 환기부가 상기 환기 동작, 상기 제연 동작 또는 상기 공기 감염 질환 통제 동작 중 하나를 수행하도록 제어한다.