디젤엔진시스템의 배기가스재순환장치에서의 응축수 제거구조를 제공한다. 본 발명은 디젤엔진의 연소실에서 연소되어 배출되는 배기가스의 일부를 연소실에 재공급하도록 배기관에 일단이 연결되고 콤프레서의 전단인 흡기관에 타단이 연결되는 저압배기가스순환관에 저압배기가스 양을 조절하는 EGR밸브와 저압배기가스를 냉각시키는 EGR쿨러를 구비하는 저압 EGR과, 상기 디젤엔진의 배기포트와 연결된 배기관에 설치되어 유해물질을 제거하는 후처리장치와, 상기 디젤엔진의 흡기포트와 연결된 흡기관에 설치되어 흡기를 냉각하는 CAC를 포함하는 디젤엔진시스템의 배기가스 재순환장치에서 발생하는 응축수를 제거하는 구조에 있어서, 상기 EGR쿨러는 상기 배기관과 흡기관사이에 구비되는 저압배기가스 순환관의 길이중간에 저압배기가스를 일방향으로 안내하는 열교환기를 구비하고, 상기 열교환기의 내부공간에는 저압배기가스의 흐름과 직교하여 접촉하고, 냉각유체를 일방향으로 안내하는 복수개의 냉각관을 구비한다.