본 발명은 GPS 데이터 분석에 의한 플래그 데이터 제공 방법 및 시스템에 관한 것으로, 보다 상세하게는 각 지상국의 GPS 반송파데이터의 전처리에 의한 전리층 지연오차 추정시 전처리 과정의 히스토리를 담고 있는 전처리 플래그를 기록하여 제공함으로써, 기록된 전처리 플래그를 확인하여 실제 전리층 이상현상인지를 모니터링 할 수 있도록 하는 GPS 데이터 분석에 의한 플래그 데이터 제공 방법 및 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 의하면, 각 지상국의 GPS 반송파데이터의 전처리에 의한 전리층 지연오차 추정시 전처리 과정의 히스토리를 담고 있는 전처리 플래그를 기록함으로써, 기록된 전처리 플래그를 이용하여 극심한 전리층 기울기 값을 갖는 데이터가 실제 전리층 이상현상인지 아니면 수신기 고장이나 자료처리오차로부터 산출된 것인지를 판단할 수 있는 효과가 있다. 또한, 전리층 이상현상으로 판단된 후보들 중 실제 전리층 이상현상이 아닌 후보들을 자동화하여 제거하는 오토 스크리닝(Auto Screening)의 과정을 최대한 자동화시킴으로써, 수동으로 전리층 이상현상의 유효성을 판단하는 과정에서 가중되는 부담을 완화시킬 수 있는 효과가 있다.